Le Dr Carson Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du docteur Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Ce dernier, possédant le raisonnement et les souvenirs de l’original est, bien malgré lui, à l’origine de la nouvelle souche du médicament Hoffan. Quoi qu’il en soit, il est bien déterminé à réintégrer Atlantis et à mettre fin aux actions de Michael.