Enquêtant sur la destruction de plusieurs systèmes solaires, Kirk découvre l’USS Constellation, un autre vaisseau de la classe Constitution, quasiment détruit avec un seul survivant: le capitaine Matthew Decker. Le responsable de tous ces dommages est une machine immense qui se « nourrit » de planètes.

C’est le fils de Matthew Decker qui assurera le commandement de l’Enterprise en 2270, au retour de la mission de 5 ans de Kirk.