Le secret du neuvième chevron est dévoilé et une équipe est envoyée pour explorer l'autre côté de cet horizon : un gigantesque vaisseau appelé le Destiny. Créée par les "Anciens" des millions d'années plus tôt, cette expérience sous forme de navire ne peut être contrôlée. Le Destiny doit exécuter sa mission originelle : traverser l'univers et rencontrer de nouvelles formes de vie.

Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...

L'Enterprise NX-01 est le premier vaisseau spatial d'origine terrienne prévu pour l'exploration. En outre, il est le premier vaisseau construit par des humains à être équipé de moteur à distorsion pouvant atteindre distorsion 5. Il est lancé en 2151, un an avant la date prévue et contre l'avis des Vulcains qui surveillent de près les Humains et leurs progrès en matière spatiale. Il est commandé par le Capitaine Jonathan Archer, est secondé par le sub-commander Vulcain T'Pol, qui est également l'officier scientifique et qui est à bord à la demande du Haut Conseil Vulcain qui voit d'un très mauvais œil la mission d'exploration du vaisseau. L'équipage se compose du Commander Charles "Trip" Tucker III qui est l'ingénieur en chef, du Lieutenant Malcolm Reed, chargé de la sécurité et de l'armement et de l'enseigne Hoshi Sato, interprète et chargée des communications. L'infirmerie est confié au Docteur Phlox, un dénobulien qui participe au programme d'échange médicale inter-espèces.