Alors que la cité est remontée à la surface au moment où le bouclier a cédé, Sheppard demande l’autorisation à Élisabeth Weir pour porter secours aux habitants du village et aux autres membres de l’expédition enlevés par les Wraiths. Sheppard, Ford et d’autres soldats se rendent sur une planète pour leur porter secours et entrent en confrontation avec leurs ennemis. Sheppard libère les prisonniers mais il doit abréger les souffrances du colonel Sumner car la reine des Wraiths aspire son énergie vitale. Pensant éliminer les créatures, Sheppard tue la reine, ce qui provoque le réveil de tous les Wraiths en hibernation.