Le SGC envoie une nouvelle équipe dans la galaxie de Pégase, à la recherche de la cité perdue d’Atlantis. Les explorateurs traversent la porte du SGC et se retrouvent immédiatement dans la cité qui reprend vie lentement. Le groupe ne tarde pas à se rendre compte que la cité git tout au fond de l’océan et que les E2PZ sont presque vides, fragilisant le bouclier de la cité qui menace de disparaitre. Le Docteur Weir et son équipe doivent alors penser à quitter les lieux pendant que le major Sheppard fait connaissance avec de nouveaux amis et des ennemis terrifiants : les Wraiths.