Star Trek Deep Space Nine décrit les événements survenus au XXIVe siècle autour de la station spatiale Deep Space Nine (anciennement Terok Nor), commandée par le capitaine Benjamin Sisko. Initialement en orbite autour de la planète Bajor, une planète récemment occupée par les Cardassiens, cette station est déplacée à proximité d'un vortex artificiel, occupé par des entités intemporelles, découvert par Sisko, et permettant de voyager entre le Quadrant Alpha et le Quadrant Gamma encore inexploré. DS9 a pour mission d'administrer ce secteur de la galaxie devenu un important centre économique et politique.

Le secret du neuvième chevron est dévoilé et une équipe est envoyée pour explorer l'autre côté de cet horizon : un gigantesque vaisseau appelé le Destiny. Créée par les "Anciens" des millions d'années plus tôt, cette expérience sous forme de navire ne peut être contrôlée. Le Destiny doit exécuter sa mission originelle : traverser l'univers et rencontrer de nouvelles formes de vie.

Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...