Alors qu’il est pourchassé par un vaisseau Cardassian, un petit vaisseau du Maquis disparaît mystérieusement dans une région appelée Badlands. Parmi l’équipage du vaisseau se trouvait un agent de Starfleet chargé de surveiller le Maquis. La Fédération affrète donc un nouveau vaisseau : l’USS Voyager, de classe « Intrepid » sous le commandement du capitaine Janeway, pour retrouver ce vaisseau et ses occupants. En arrivant dans les Badlands, le Voyager et frappé par un rayon inconnu et se retrouve catapulté dans le quadrant Delta à 70000 années lumières de la fédération. Le vaisseau est endommagé et le médecin de bord, tué, est remplacé par le médecin holographique d’urgence. L’équipage découvre alors une étrange entité, appelée Pourvoyeur (Caretaker) qui déclare veiller sur une planète entière. Il retrouve également le vaisseau Maquis et son équipage. Comme cette créature arrive en fin de vie, elle doit trouver un « hôte » pour prendre la suite et pour cela, elle attire des vaisseaux contenant des formes de vie compatibles. Arrive alors une race locale, les Kazons, qui tentent de s’approprier toute la technique et le puissance du Pourvoyeur. Le capitaine Janeway doit faire face à un dilemme: laisser les Kazons s’emparer du Pourvoyeur et les laisser détruire la planète, ou détruire le Pourvoyeur ce qui les condamne à un voyage de 70 ans pour rentrer dans le quadrant Alpha.