Apprenant que la seule arme capable d’éradiquer les Réplicateurs est contenue dans le temple de Dakara, Ba’al aide Sam et son père Jacob à activer leur fabuleuse découverte afin de doubler son maître Anubis. Sur le vaisseau Réplicant, la doublure de Sam sonde les connaissances des Anciens stockées dans la mémoire de Daniel afin de déjouer les plans des rebelles et des terriens. Les Réplicateurs envahissent soudain la base de Cheyenne Moutain, le commandant O’Neil donne l’ordre d’évacuer et d’utiliser la force nucléaire pour l’autodétruire.