L’Enterprise arrive près d’Azati Prime, où la super arme xindi destinée à détruire la Terre est en phase finale de construction. L’équipage en localise la structure massive sous l’océan, mais réalise que sa destruction ne pourra se faire qu’au prix d’une mission suicide. Archer insiste pour le faire lui-même. Mais Daniels apparaît et emmène Archer 400 ans dans le futur. Là, il lui dévoile une conspiration de cette époque qui est la cause première du déclenchement de la guerre entre humains et Xindis…