MacGyver fait un voyage à Paris pour tenter de retrouver une connaissance de son père. Jack, qui l’a suivi à son insu, l’informe qu’un homme est à ses trousses. De retour aux Etats-Unis, MacGyver est attaqué à son domicile par trois hommes masqués qui le kidnappent. Jack, Riley, Wilt, Samantha et Matty investissent rapidement son appartement et le passent au peigne fin pour glaner des indices. Ils pensent que c’est Murdoc, leur ennemi juré, qui a enlevé leur ami et partent à sa recherche.