Kirk est chargé d’enquêter sur la disparition de l’observateur John Gill. A l’approche de la planète Ekos, l’Enterprise est attaqué par des fusées équipées d’ogives nucléaires. Kirk, Spock et Mc Coy découvrent bientôt que toute la planète vit sur le modèle nazi. John Gill semblerait avoir violé la Prime Directive et influencé la civilisation Ekosienne.