Star Trek Deep Space Nine décrit les événements survenus au XXIVe siècle autour de la station spatiale Deep Space Nine (anciennement Terok Nor), commandée par le capitaine Benjamin Sisko. Initialement en orbite autour de la planète Bajor, une planète récemment occupée par les Cardassiens, cette station est déplacée à proximité d'un vortex artificiel, occupé par des entités intemporelles, découvert par Sisko, et permettant de voyager entre le Quadrant Alpha et le Quadrant Gamma encore inexploré. DS9 a pour mission d'administrer ce secteur de la galaxie devenu un important centre économique et politique.

La série met en scène les aventures du vaisseau USS Voyager commandé par une femme, la capitaine Kathryn Janeway. Cette dernière a été, au cours d'une mission, précipitée par une entité nommée le Pourvoyeur dans le Quadrant Delta, à l'autre bout de la galaxie, à environ 75 000 années-lumière de la Terre. La capitaine s'efforcera de trouver un moyen de ramener sur Terre son vaisseau mais le voyage de retour prend théoriquement 75 ans à vitesse maximale, elle trouvera donc des moyens de le raccourcir. L'épopée est très intéressante puisque l'équipage est confronté à toute sorte d'espèces hostiles ou non, la plupart post-distorsion.

Le secret du neuvième chevron est dévoilé et une équipe est envoyée pour explorer l'autre côté de cet horizon : un gigantesque vaisseau appelé le Destiny. Créée par les "Anciens" des millions d'années plus tôt, cette expérience sous forme de navire ne peut être contrôlée. Le Destiny doit exécuter sa mission originelle : traverser l'univers et rencontrer de nouvelles formes de vie.