Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...

La série met en scène les aventures du vaisseau USS Voyager commandé par une femme, la capitaine Kathryn Janeway. Cette dernière a été, au cours d'une mission, précipitée par une entité nommée le Pourvoyeur dans le Quadrant Delta, à l'autre bout de la galaxie, à environ 75 000 années-lumière de la Terre. La capitaine s'efforcera de trouver un moyen de ramener sur Terre son vaisseau mais le voyage de retour prend théoriquement 75 ans à vitesse maximale, elle trouvera donc des moyens de le raccourcir. L'épopée est très intéressante puisque l'équipage est confronté à toute sorte d'espèces hostiles ou non, la plupart post-distorsion.

Le secret du neuvième chevron est dévoilé et une équipe est envoyée pour explorer l'autre côté de cet horizon : un gigantesque vaisseau appelé le Destiny. Créée par les "Anciens" des millions d'années plus tôt, cette expérience sous forme de navire ne peut être contrôlée. Le Destiny doit exécuter sa mission originelle : traverser l'univers et rencontrer de nouvelles formes de vie.