Malgré le refus catégorique de O’Neal, Daniel embarque à bord du Prométhée sur les ordres du Général, déterminé à partir à la recherche de la mission Atlantis. Au cours du voyage, il croise un Alkesh Goa’uld abandonné et intercepte un message de détresse d’une femme provenant du navire à bord duquel un terrible affrontement avec les Jaffa a fait rage…